Organizacja i struktura formacji Na czele Wojska Rządowego stanął generał Jaroslav Eminger, który sprawował funkcję szefa Generalnego Inspektoratu. W skład dowództwa wchodzili inni doświadczeni oficerowie wywodzący się z Wojska Czechosłowacji. Stan wyposażenia i uzbrojenia formacji na dzień 1 lipca 1939 wyglądał następująco: 5355 starych karabinów Mannlicher M1895, 1088 pistoletów ČZ 24, 360 karabinów maszynowych, prawie 1800 szabel, 6255 bagnetów, 1355 rowerów, 64 samochody, 199 ciężarówek i 240 motocykli plus 10% rezerw.
Stan organizacyjny do maja 1944 był następujący: Generalny Inspektorat w Pradze I Inspektorat w Pradze – dowódca generał František Fabián, od stycznia 1942 generał Karel Pražák 1 Batalion w Pradze (pełniący rolę jednostki reprezentacyjnej i ochraniającej prezydenta Protektoratu) 2 Batalion w miejscowości Rakovník 3 Batalion w miejscowości Písek 4 Batalion w miejscowości Benešov (od 1943 Čáslav) 5 Batalion w miejscowości Kutná Hora II Inspektorat w Hradec Králové – dowódca generał Karel Procházka 6 Batalion w Hradec Králové 7 Batalion w miejscowości Josefov III Inspektorat w Brnie – dowódca generał Eduard Horák 8 Batalion w miejscowości Jičín 9 Batalion w miejscowości Vysoké Mýto 10 Batalion w miejscowości Bučovice 11 Batalion w miejscowości Kostelec nad Orlicí 12 Batalion w miejscowości