Od 31 października 2005 zajmował stanowiska ministra spraw zagranicznych oraz przewodniczącego Komitetu Integracji Europejskiej w rządzie Kazimierza Marcinkiewicza. W kwietniu 2006 zapowiedział gotowość do odejścia z rządu w przypadku jego rekonstrukcji po ewentualnym utworzeniu koalicji rządowej Prawa i Sprawiedliwości i Samoobrony RP. 28 kwietnia 2006 podał się do dymisji, odmawiając udziału w gabinecie z udziałem Andrzeja Leppera. Został odwołany z obu stanowisk 9 maja tego samego rokuPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 9 maja 2006 r. nr 113-22-06 o zmianie w składzie Rady Ministrów ()..
Praca naukowo-dydaktyczna Był pracownikiem naukowym Zakładu Historii XIX wieku w Instytucie Historii na Wydziale Historyczno-Socjologicznym Uniwersytetu w Białymstoku. Wykładał historię w Szkole Nauk Społecznych w Warszawie oraz historię stosunków międzynarodowych w Wyższej Szkole Handlu i Prawa im. Ryszarda Łazarskiego, a także w szkołach wyższych za granicą, m.in. w École des hautes études en sciences sociales i na Emory University w Atlancie.