Greenpeace uważa GMO za nieopłacalną dla rolników i nieprzebadaną technologię.
W 2011 roku na podstawie analizy 94 badań z lat 1996–2009 wykazano, że bycie autorem badań ukazujących GMO jako bezpieczne nie korelowało z jego finansowymi powiązaniami z koncernami biotechnologicznymi, ale korelowało z jego powiązaniami zawodowymi z sektorem GMO. 48% autorów zadeklarowało swoje źródło finansowania, przy czym okazało się, że większość naukowców, którzy tego nie zrobili, było powiązanych z firmami biotechnologicznymi. 38% badań miało źródło finansowania niezależne od przemysłu biotechnologicznego, a 8% – zależne (reszta była niezadeklarowana albo mieszana). W 44% badań przynajmniej jeden autor miał z nim powiązania. Badanie z 2015 roku wykazało, że przypadku 26% prac występował konflikt interesów, a w 16% badań jego istnienie było niewiadomą. W 2011 roku EFSA ulepszyła swoją politykę zapobiegania konfliktom interesów.
Do 2003 roku włącznie opublikowano 32 tys. badania o uprawach i żywności GMO, w tym 2 tys. o ich bezpieczeństwie. W latach 2002–2012 opublikowano przynajmniej 1783 badania nad bezpieczeństwem GMO, co czyni z niego jeden z lepiej przebadanych tematów w nauce.