W 1947 roku wziął udział w paragwajskiej wojnie domowej po stronie Federica Chavesa. Systematycznie piął się w górę po szczeblach kariery wojskowej i w 1948 roku otrzymał promocję na stopień generała brygady, zostając tym samym najmłodszym generałem w całej Ameryce Łacińskiej. W wyniku wojny domowej prezydentem Paragwaju został Chaves, a w 1951 roku Stroessner objął funkcję naczelnego dowódcy sił zbrojnych. Został także członkiem Partii Colorado.
Prezydent i dyktator W 1954 roku generał Stroessner dokonał z pomocą posłusznej sobie armii zamachu stanu i obwołał się prezydentem Paragwaju. Jego mandat był przedłużany w latach 1958, 1963, 1968, 1973, 1978, 1983 i 1988. Stroessner był po przywódcy Kuby Fidelu Castro drugim najdłużej panującym dyktatorem w Ameryce Łacińskiej. Jako prezydent rozbudował i podporządkował sobie prawicową Partię Czerwoną, która na równi z wojskiem stała się podporą reżimu. Od drugiej połowy lat 50. XX wieku reżim Stroessnera był zwalczany przez antyrządową partyzantkę, a od lat 60. także przez Kościół katolickiWielki Encyklopedyczny Atlas Świata, T. 17, Ameryka Południowa, Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 2006, s.