Stosownie do kontraktu zawartego 3 maja 1597 rzeźby miały być wykonane z białego marmuru i czarnego jaspisu, ostatecznie jednak zmieniono koncepcję na pozłacany brąz. Już w następnym roku po lewej stronie ołtarza bazyliki, nad wejściami do apartamentów królewskich, ustawiono grobowiec Karola V – grupę Karola V tzw. Familia Imperial. Rzeźby odlane z brązu i pozłocone przedstawiają klęczącego cesarza z żoną Izabelą Portugalską, dwiema siostrami – królowymi Eleonorą Francuską i Marią węgierską oraz córką – cesarzową Marią hiszpańską.
W 1600 po przeciwnej stronie ołtarza, nad wejściem do pokoi Filipa II, stanął grobowiec mu poświęcony – grupa Filipa II tzw. Familia Real. Rzeźby przedstawiają rzeczonego króla z żonami: Marią Manuelą portugalską, Elżbietą francuską i Anną Marią Austriaczką oraz synem Donem Carlosem.
Panteon królów Składa się z dwudziestu sześciu marmurowych grobowców zawierających szczątki królów i jedynej samodzielnie rządzącej królowej Hiszpanii (Izabeli II Burbon) z dynastii Habsburgów i Burbonów – począwszy od Karola I (oprócz Filipa V i Ferdynanda VI). Grobowce zawierają również szczątki małżonek (i małżonka Izabeli II – Franciszka de Asís Burbona) królewskich, ale tylko tych, które urodziły przyszłych królów Hiszpanii. Obecnie pochowane są 23 osoby.