Niejednokrotnie w willi dr. Byrkowskiego zdarzały się przypadki zakatowania więźniów. Zwłoki ofiar obdzierano z ubrań, które magazynowano w jednym z pomieszczeń w budynku. W marcu 1944 roku w willi dr. Byrkowskiego zamordowano 9 mężczyzn i 1 kobietę, których nazwisk nie udało się ustalić. Większość osób zmarła wskutek tortur, jednak co najmniej 2 zabito strzałami w głowę. Zwłoki zamordowanych ułożono w dzień targowy rzędem na rogu ul. Kościuszki i ul. Mickiewicza. Stanisław Siemieniec, mieszkaniec Łatanic, wspominał:
W późniejszym okresie jeden ze świadków, Władysław Walasek, na podwórzu willi dr. Byrkowskiego widział leżących obok siebie 20 mężczyzn, nie dających znaku życia.
Więźniów przeznaczonych do osadzenia w niemieckich obozach koncentracyjnych przewożono do więzień w Pińczowie lub w Kielcach (tereny Kreishauptmannschaftu Busko były pozbawione linii kolejowych) lub rozstrzeliwano na terenie Lasów: Wełeckiego, Winiarskiego oraz Widuchowskiego. Zdarzały się również przypadki mordowania więźniów osadzonych w willi dr. Byrkowskiego na pobliskiej alei Mickiewicza. Zbrodni dokonywano prowadząc ich najprawdopodobniej w kierunku willi „Wersal” zlokalizowanej w dolnej części alei Mickiewicza. Pozorując próbę ucieczki zastrzelono w ten sposób 17 lutego 1943 r. Stefana Kozerę – mieszkańca Smogorzowa.