Wtedy też został przez władze sowieckie mianowany profesorem.
Kiedy Niemcy weszli do miasta w lipcu 1941 roku, Koffler wraz z żoną i synem został uwięziony i wywieziony do getta w Wieliczce koło Krakowa. Dalsze ich losy nie są dokładnie znane. Najprawdopodobniej razem z rodziną został zastrzelony przez Niemców na początku 1944 roku w pobliżu Krosna, gdzie ukrywał się po likwidacji getta w Wieliczce.
Znaczenie twórczości Józef Koffler wraz z Tadeuszem Majerskim byli jedynymi kompozytorami polskimi okresu międzywojennego posługującymi się techniką dodekafoniczną.
Spośród całej spuścizny Kofflera tylko dwa dzieła zostały wydane po wojnie (przez PWM) i są dostępne: Trio smyczkowe op. 10 oraz Kantata Miłość op. 14Józef Koffler, Partytura kantaty „Miłość” na głos solowy, klarnet, altówkę i wiolonczelę Op. 14, Kraków PWM 1995, nr. kat: 8719, wersje językowe: polska i niemiecka.. Po roku 1990 kilkanaście utworów Kofflera zostało utrwalonych na nagraniach płytowych.