Zbudował on nowe miechy, przyrząd do kalikowania, nowe kanały, klawiatury manuałów i pedału, nową trakturę gry i rejestrów, jak również przeprowadził uszczelnianie wiatrownic. Ponadto, organy zostały przesunięte w głąb chóru muzycznego, a dotychczas osobno stojące szafy organowe połączono w jedną całość poprzez przeniesienie sekcji piszczałek pozytywu ponad stół organowy, umieszczony niejako we wnęce instrumentu. W opinii rzeczoznawców, zmiany wykonane przez Sapalskiego wskazują jednoznacznie na próbę „romantyzacji” instrumentu, pomimo faktu, iż pierwotnie był to instrument barokowy. Mimo to, jak zaznacza Robert Tyrała, pozostawiono znaczną część oryginalnych głosów, które tworzyły podstawę dźwiękową instrumentu (pryncypały). Niedługo po tych przeróbkach, jeszcze w XIX wieku, miechy zaopatrujące organy w powietrze zostały podłączone do napędu elektrycznego. Ponadto, podczas jednego z dziewiętnastowiecznych remontów doszło do zmiany klawiatury na tzw. francuską, to znaczy zawierającą 54 klawisze. W wyniku tego krótka oktawa w obu manuałach i pedale została zastąpiona regularną.