Położenie Trasa Kanału Bydgoskiego wiedzie dnem Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej, na odcinku zwanym Doliną Kanału Bydgoskiego. Przed wykonaniem kanału była to podmokła, zatorfiona dolina, którą niegdyś płynęły wody Pra-Wisły, do czasu, aż rzeka dokonała przełomu pod Fordonem i skierowała swe wody na północ Doliną Dolnej Wisły. Wówczas (ok. 12 tys. lat temu) na zachód od Bydgoszczy wytworzył się dział wód między dorzeczami Odry i Wisły. W holocenie w słabo odwadnianej pradolinie wytworzyła się warstwa torfów o miąższości do 5 m. Dolina ma szerokość ok. 2 km i jest okolona stromymi krawędziami: od północy zboczem Pojezierza Krajeńskiego i od południa zboczem wyższej terasy IX-X Kotliny Toruńskiej. Wyższe jest zbocze północne, którego wysokość względna wynosi 25–40 m. Jest ono rozcięte siecią parowów oraz dolinek denudacyjnych o długościach do kilku kilometrów. Niższe zbocze południowe ma wysokość ok. 10–15 m. Kanał rozpoczyna się w Bydgoszczy w dzielnicy Okole i płynie przez zachodnią część miasta na odcinku 7 km, a kończy się w Nakle nad Notecią.
Droga wodna Wisła-Odra