Do ojczyzny powrócił w 1927 roku. Pracował jako prawnik, angażując się jednocześnie w walkę o niepodległość. Od 1928 roku pisał dla „L'Etendard Tunisien”, a w latach 1930-34 dla „Saut At-Tunisi”. W 1932 roku był jednym z współtwórców nacjonalistycznego pisma „L'Action Tunisienne”. Na ten czas przyszła również jego aktywność w partii Dustur. Z czasem uznał liderów Dustur za zbyt konserwatywnych i nieśmiałych. W 1934 roku wraz z kilkorgiem współpracownikiem utworzył osobną partię znaną pod nazwą Neo-Dustur. Przyszły prezydent w 1937 roku został sekretarzem generalnym partii, a ugrupowanie przybrało liberalny program, a jej celem była likwidacja kolonializmu. Burgiba został uznany za przywódcę ruchu wyzwoleńczego, przez co partia szybko została zdelegalizowana, a on sam osadzony w więzieniu. W 1936 roku opuścił więzienie i przystąpił do budowy struktur organizacyjnych ruchu niepodległościowego. Poparcia szukał głównie na wsi i pośród wielkomiejskich pracowników. Popierał współpracę ze związkami zawodowymi, a szczególnie utworzenie związku Union Générale des Travailleurs Tunisiens (poparcie było po części sposobem przeciwdziałania Confédération Générale des Travailleurs sympatyzującej z komunistami). Pod jego kierownictwem Neo-Dustur utworzyło organizacje mobilizacji studentów, rzemieślników, chłopstwa i kobiet.