W latach 1991–1997 był kierownikiem Sekcji Teologii Duchowości. W 1992 r. otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego, a w 1998 r. profesora zwyczajnego. W latach 1993–2002 pełnił obowiązki dyrektora do spraw naukowych kolegium Teologicznego dla Katechetów na terenie Archidiecezji Lubelskiej i Studium Pastoralnego dla Kapłanów. W latach 1995–1998 był przewodniczącym Senackiej Komisji Bibliotecznej KUL. Pełnił także obowiązki ojca duchownego Domu Księży Emerytów (2001–2006) i członka Rady Kapłańskiej archidiecezji lubelskiej (2008–2011).
Ks. prof. Jerzy Misiurek był także członkiem Polskiej Akademii Nauk oraz Lubelskiego Towarzystwa Naukowego. W 2001 r. uzyskał nagrodę Rektora KUL za działalność naukową, w 2002 r. nagrodę Ministra Edukacji Narodowej i Sportu oraz Medal Komisji Edukacji Narodowej. Wypromował 17. doktorów oraz 130. magistrów i licencjuszy. Był organizatorem sześciu Tygodni Duchowości (w latach 1992–1997) oraz licznych sympozjów naukowych.