W 2002 roku zastąpił Jozefa Chovanca na stanowisku selekcjonera pierwszej reprezentacji. Zdobył dużą sympatię kibiców oraz szacunek wielu obserwatorów po Euro 2004, gdzie prowadzona przez niego drużyna grała skutecznie i widowiskowo, i przez wielu była typowana do roli zwycięzcy turnieju. Czesi pechowo (bramka stracona w dogrywce w 106 minucie) przegrali w półfinale, a mistrzostwo zdobyli ich pogromcy – Grecy. W meczu grupowym z Holandią, dzięki udanym decyzjom kadrowym i taktycznym jego drużyna potrafiła ze stanu 0:2 wyprowadzić wynik na zwycięskie 3:2.
W listopadzie 2005 roku po wygraniu dwumeczu barażowego z Norwegią (1:0, 1:0) Czesi po raz pierwszy od powstania samodzielnego państwa awansowali do mistrzostw świata, ale w Niemczech, mimo zwycięstwa 3:0 ze Stanami Zjednoczonymi w pierwszym meczu, nie wyszli z grupy. Szkoleniowcem Czech Brückner był także na Euro 2008, na którym prowadzona przez niego reprezentacja nie wyszła ze swojej grupy. Po tym turnieju Czech został zwolniony ze stanowiska, a jego miejsce zajął Petr Rada.
W lipcu 2008 roku Brückner zaczął pracować jako szkoleniowiec w Austrii.