przeszedł do niemieckiego FC Gütersloh.
W Gütersloh Tomasz Kos rozegrał tylko rundę wiosenną sezonu 1998/1999. Szybko stał się podstawowym obrońcą swojej drużyny i zaczął wzbudzać zainteresowanie klubów Bundesligi, takich jak chociażby Werder Brema. Jego dobra forma nie uchroniła jednak drużyny przed spadkiem z ligi. Kos szczególnie zapadł w pamięć trenerowi Friedelowi Rauschowi, który ściągnął Polaka do 1. FC Nürnberg.
Już w debiucie w nowym klubie, w meczu przeciwko SV Waldhof Mannheim Kos zdobył bramkę. Później rozegrał jeszcze 23 mecze i przyczynił się do zajęcia przez klub czwartego miejsca w tabeli. Również w kolejnym sezonie Kos zagrał w 24 spotkaniach, jednak tym razem piłkarze 1. FC Nürnberg wygrali rozgrywki 2. Bundesligi i wywalczyli awans do najwyższej klasy rozgrywkowej. W pierwszym sezonie gry na boiskach 1. Bundesligi Kos rozegrał 27 meczów, a piłkarze z Norymbergi uplasowali się na piętnastym miejscu w tabeli. Rozgrywki sezonu 2002/2003 zakończył z 26 meczami na koncie, i spadkiem ze swoim klubem do 2. Bundesligi. W następnym sezonie zagrał tylko w jednym meczu i latem 2004 roku przeszedł do drugoligowego niemieckiego FC Erzgebirge Aue.