W 1992 został szkoleniowcem klubu UD Las Palmas, który prowadził przez trzy sezony. Po krótkiej przygodzie z Albacete Balompie w 1996 przejął obowiązki selekcjonera hiszpańskiej reprezentacji młodzieżowej i juniorskiej. W ciągu sześciu lat pracy z tymi drużynami zdobył wszystkie najważniejsze trofea (mistrzostwo świata U-20, dwukrotnie mistrzostwo Europy U-21 oraz srebrny medal olimpijski) oraz odnalazł i wyszlifował wiele piłkarskich talentów, które później stanowiły o sile dorosłej reprezentacji. Jego wychowankami są m.in. Iker Casillas, Daniel Aranzubia, Joan Capdevila, Carlos Marchena, Carles Puyol, David Albelda, Xavi, Fernando Torres i wielu innych.
Po niespodziewanej rezygnacji José Antonio Camacho po Mundialu 2002 został wybrany na selekcjonera dorosłej kadry. Reprezentację oparł na piłkarzach, których w przeszłości prowadził w drużynie młodzieżowej. Mimo to, do Mistrzostw Europy 2004 Hiszpania awansowała dopiero po barażach, a na samym turnieju zaprezentowała się bardzo słabo i pierwszy raz od 1988 wracała do domu już po rundzie grupowej. Sáezowi zarzucano defensywny styl gry oraz zbytnią ufność w Raúla, który wówczas nie był w najwyższej formie.