Działalność publiczna od 1989 mały|Stefan Niesiołowski (pierwszy z lewej) w Kancelarii Senatu podczas zaprzysiężenia Bronisława Komorowskiego na prezydenta RP (2010) Był współzałożycielem Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego, od początku zasiadając w jego władzach naczelnych. W sejmie kontraktowym wspólnie z Markiem Jurkiem i Janem Łopuszańskim współtworzył charakterystyczny wizerunek tej partii. Wystąpił ze Zjednoczenia w 2001, w tym samym roku krótko związany był z Przymierzem Prawicy. W 2003 wraz ze Zbigniewem Romaszewskim i Janem Rulewskim współtworzył ugrupowanie Suwerenność-Praca-Sprawiedliwość.
Był posłem trzech kadencji – w latach 1989–1991 z ramienia Komitetu Obywatelskiego, w latach 1991–1993 z ramienia Wyborczej Akcji Katolickiej i w latach 1997–2001 z ramienia Akcji Wyborczej Solidarność, kiedy przewodniczył zespołowi chrześcijańsko-narodowemu w ramach klubu parlamentarnego AWS, który skupiał posłów i senatorów ZChN. W wyborach parlamentarnych w 1993 bez powodzenia ubiegał się o reelekcję z listy Katolickiego Komitetu Wyborczego „Ojczyzna”.