W 1796 brał udział w nieudanej, dowodzonej przez generała Hoche’a wyprawie do Irlandii, wysłanej z pomocą tamtejszym powstańcom walczącym z panującymi na wyspie Brytyjczykami. Rok później Bruix otrzymał stopień kontradmirała, a pod koniec kwietnia 1798 – w okresie rządów Dyrektoriatu – został ministrem marynarki.
Zwolniony po kilku miesiącach z ministerialnych obowiązków, w kwietniu 1799 Bruix na czele floty 25 okrętów liniowych przełamał brytyjską blokadę Brestu (jednego z największych atlantyckich portów Francji) i przedostał się na Morze Śródziemne, by wesprzeć walczącego w Egipcie generała Napoleona BonaparteWysłana wraz z Bonapartem francuska flota adm. d’Aigalliersa została unicestwiona przez Brytyjczyków pod Abukirem.. Sam Bruix był sceptyczny wobec rozkazów Dyrektoriatu, zgodnie z którymi miał zniszczyć wrogie okręty na tamtym akwenie. Mimo pomocy ze strony stacjonującej w Kadyksie hiszpańskiej eskadry adm. Mazzaredo, okrętom pod dowództwem Bruiksa nie udało się przejść na wschodnią część Morza Śródziemnego. Brytyjska flota adm. Keitha zmusiła Francuzów do zawinięcia do Tulonu, skąd Bruix zawrócił następnie do hiszpańskiej Kartageny, gdzie połączył się z hiszpańską eskadrą. Następnie Bruix powrócił do Brestu bez większych strat, choć bezskutecznie nakłaniał adm. Mazzaredo na wspólną wyprawę na Maltę lub do Egiptu.