W wyborach parlamentarnych w 2007 bez powodzenia ponownie kandydował do Senatu. Od 4 grudnia 2007 do 16 kwietnia 2009 był sekretarzem stanu w Kancelarii Prezydenta Lecha Kaczyńskiego. W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 kandydował z pierwszego miejsca dolnośląsko-opolskiej listy Prawa i Sprawiedliwości, zdobywając mandat europosła. W PE przystąpił do grupy Europejskich Konserwatystów i Reformatorów. Został szefem delegacji PiS, a także członkiem Komisji Spraw Zagranicznych.
W 2012 Sąd Okręgowy w Krakowie w postępowaniu cywilnym uznał, że Ryszard Legutko naruszył dobra osobiste dwojga uczniów jednej z wrocławskich szkół średnich, którzy zorganizowali debatę dotyczącą istnienia krzyży w klasach, przez nazwanie ich „rozpuszczonymi smarkaczami”, nakazując przeproszenie w prasie i uiszczenie kwoty 5 tys. zł na cel społeczny. Sprawa była objęta programem spraw precedensowych Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka.
Kandydował z ramienia PiS również w wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2014, uzyskując mandat europosła VIII kadencji.