północna pozostała nieukończona. Pierwotny gotycki hełm z galerią obronną został zastąpiony później barokowym, ten zaś spłonął jeszcze 28 lub 30 stycznia 1730 i został zastąpiony tymczasowym daszkiem namiotowym, którego forma zachowała się do dziś. W 1390 ukończono pierwszą z kaplic bocznych - Świętej Rodziny, zaś w 1666 zbudowano wedle projektu Antonio Caldina kaplicę św. Krzyża – najstarszy obiekt barokowy we Wrocławiu. W pożarze z 1730 poza hełmem spłonął dach korpusu kościoła, odbudowany w 1732. Kolejne pożary, z 1763 i 25 maja 1791 spowodowały kolejne, później odbudowywane, uszkodzenia dachu.
W czasie oblężenia Wrocławia pod koniec II wojny światowej kościół i klasztor zostały silnie zniszczone, największe zniszczenia zaszły w Wielkanoc 1945, 1 i 2 kwietnia. Rozważano pozostawienie zespołu poklasztornego w formie trwałej ruiny. Ostatecznie zostały jednak odbudowane - kościół w latach 1946–1948 i 1961–1963, według projektów Witolda Rawskiego i Edmunda Małachowicza, przy czym wnętrzu przywrócono formy gotyckie i wyposażono ołtarzami ze zniszczonych w wojnie kościołów śląskich. Dach odbudowano jako bardziej stromy niż przed zniszczeniem, rekonstruując formę sprzed pożaru z 1730.