Od 11 września podjęto organizację batalionowej kompanii ckm pod dowództwem por. Juliusza Freislera. 12 września patrole toczyły potyczki z niemieckimi oddziałami zajmującymi sukcesywnie teren podwarszawskich miejscowości.
Nocą 12/13 września pluton por. Wiktora Orczewskiego z 3 kompanii wykonał wypad z fortu Bema na niemiecką placówkę. W jego wyniku spalono niemiecki pojazd pancerny i uszkodzono niemieckie działo. 13 września w godz. 17.00-18.00 stanowiska batalionu stołecznego zostały zbombardowane, rannych zostało 23 żołnierzy, wśród nich ciężko kpt. Leon Pieczyński, a dowodzenie 3 kompanią przejął por. Karol Gałecki. Nocą 13/14 września pluton z 2 kompanii por. Alfonsa Suchodolskiego, dokonał wypadu na Babice i utrzymał się tam do 15 września. Podczas wypadu poległ por. Alfons Suchodolski. 16 września batalion stołeczny wsparł kontratak III batalionu 26 pułku piechoty z rejonu Babice, na zajęte przez oddział niemiecki koszary 1 pułku artylerii przeciwlotniczej. Po kilku godzinach walki teren koszar odbito. Nocą 16/17 września batalion stołeczny został zluzowany przez II batalion 144 pułku piechoty i odszedł do dyspozycji dowódcy grupy taktycznej, ppłk. dypl. Leopolda Okulickiego.