W szpitalu tym znalazł jedynie dwa noże amputacyjne, a więc polecił sprowadzić noże kuchenne i piłki stolarskie, którymi przeprowadził wiele operacji chirurgicznych.
Za ofiarną i skuteczną pomoc udzielaną rannym powstańcom został wkrótce odznaczony Krzyżem Złotym Orderu Virtuti Militari.
Po powrocie do Krakowa kontynuował praktykę lekarską i prowadził badania naukoweMarek Żukow-Karczewski, Całe miasto mówiło... O Bierkowskim, „Echo Krakowa”, 27,28,29 IX 1991 r., nr 188 (13500).. Pierwszy na świecie zastosował watę jako środek opatrunkowy.
Jest uważany za twórcę polskiej ortopedii. W lutym 1847 wykonał pierwszy na ziemiach polskich zabieg w uśpieniu eterowym. W 1837 założył pierwszą w Krakowie Szkołę Gimnastyczną Krakowską dla chłopców. W sezonie zimowym 1837/1838 urządził na stawie w Zwierzyńcu pod Krakowem pierwsze publiczne lodowisko dostępne dla wszystkich, a w 1838 zorganizował pierwsze na ziemiach polskich zajęcia gimnastyki dla dziewcząt.
Jego instrumentarium chirurgiczne i inne pamiątki z gabinetu są częścią kolekcji Muzeum Wydziału Lekarskiego UJ.
Pochowany został na cmentarzu Rakowickim w Krakowie, w grobowcu rodzinnym, w kwaterze 11.