Za rządów pierwszych Romanowów klasztor został odbudowany i otrzymywał kolejne nadania carskie, dzięki czemu w 1679 r. miał we władaniu 18 opuszczonych podczas smuty miejscowości, dysponował także prawem łowienia ryb w Wieksnie, zaś w 1652 r. otrzymał dzwon pamiątkowy po zmarłym patriarsze moskiewskim i całej Rusi Józefie. W 1690 r. na mocy wspólnej gramoty carów Iwana i Piotra monaster otrzymał ziemię przylegającą do jego murów, by móc wznieść na tym terenie domy dla kapłanów, diakonów i chórzystów cerkiewnych. W latach 50. XVII w. klasztor został podporządkowany domowi biskupiemu w Rostowie. Uzasadnieniem tej decyzji był fakt, iż na jego terenie znajdował się grób biskupa Jakuba, podczas gdy pozostali święci hierarchowie rostowscy spoczywali w katedralnym soborze Zaśnięcia Matki Bożej w kompleksie biskupiej rezydencji w Rostowie. Jednak w piśmie metropolity rostowskiego Jonasza do cara z 1690 r. wskazano, iż monaster „opustoszał wskutek morowego powietrza”. Jonasz wzniósł na terenie klasztoru pierwszą kamienną, a nie, jak dotychczasowe, drewnianą cerkiew. Jonasz wybrał na jej patrona Trójcę Świętą, jednak w połowie XVIII w. wezwanie to zmieniono na to, które nosiła drewniana świątynia na tym samym miejscu, tj. Poczęcia św. Anny.