Główny bohater wraz ze swoją załogą rozpoczyna poszukiwanie fragmentów mapy, której cztery części znajduje na planetach: Tatooine, Korriban, Manaan oraz Kashyyyk. W miarę podróży przez galaktykę główny bohater rozwija swoje umiejętności korzystania z Mocy i władania mieczem świetlnym, staje się coraz potężniejszym rycerzem Jedi, a także w końcu poznaje prawdę dotyczącą własnej tożsamości. Dowiaduje się on, że w rzeczywistości jest Darthem Revanem, który rok wcześniej został pojmany i zabrany przez Bastilę do Akademii Jedi, gdzie Rada Jedi, wykorzystując Moc zmodyfikowała pamięć Mrocznego Lorda Sithów i nałożyła mu nową tożsamość; tożsamość republikańskiego oficera.
Revan wraz ze swoimi towarzyszami w końcu dociera do Gwiezdnej Kuźni, gdzie dochodzi do jego ostatecznego pojedynku z Malakiem. Po pokonaniu swojego przeciwnika – w zależności od wyboru gracza – Revan zostaje okrzyknięty bohaterem wojennym i zbawcą, który położył kres wojnie domowej Jedi i ocalił galaktykę przed dominacją Sithów (ścieżka jasnej strony Mocy), bądź zajmuje miejsce Malaka, przejmując władzę nad jego armią jako nowy Lord Sith, który dokonuje całkowitej masakry floty Republiki (ścieżka ciemnej strony Mocy).