Prześladowania i zakazy Przyczyny represji Siogunowie, początkowo pozytywnie nastawieni do chrześcijaństwa, zaczęli stopniowo podejrzewać misjonarzy o wrogie zamiary, takie jak szpiegostwo i imperializm europejski. Przełom nastąpił w 1596, gdy u wybrzeży wyspy Sikoku rozbił się hiszpański galeon San Felipe. Kapitan tego statku chwalił się w Japonii, że jego kraj dokonuje podbojów kolonialnych na terenach, przygotowanych do tego przez katolickich misjonarzy i neofitów. Przykładem na potwierdzenie tego były wówczas Filipiny. Na wieść o tym siogun Hideyoshi Toyotomi kazał pojmać w Kansai 26 duchownych i wiernych katolickich i ukrzyżować ich w Nagasaki (głównym ośrodku katolicyzmu) 5 lutego 1597 na postrach dla innych. Ci zamordowani są obecnie czczeni jako święci męczennicy z NagasakiNicholas Bornoff, Japonia. Przewodnik National Geographic, National Geographic Society, 2000, s.334, ..
Edykt zniszczenia Po śmierci Hideyoshiego w 1598 na 15 lat zapanował spokój. Działalność misyjną prowadziło 130 jezuitów, kilku księży świeckich i około 30 zakonników takich jak franciszkanie, dominikanie i augustianie. W 1609 i 1613 przybyli do Japonii pierwsi holenderscy i angielscy protestanci, co nasiliło obawy władz japońskich przed imperializmem europejskim.