Zespół dziesięciu „pasożytów” został przydzielony do eksperymentalnej Drużyny 13 na trzynastej Plantacji. Jeden z nich, Hiro (Code:016), jest byłym kandydatem na pilota, który nie był w stanie dłużej synchronizować się ze swoją partnerką, przez co obydwoje nie zdołali ukończyć treningu. Omijając ceremonię ukończenia programu treningowego przez jego drużynę spotyka Zero Two (Code:002), elitarną pilotkę posiadającą w sobie krew klaxozaura, charakterystyczne niewielkie czerwone rogi oraz złowrogą opinię „zabójczyni partnerów” – plotka głosi, że wszyscy jej partnerzy ginęli po trzecim parowaniu z nią. Wkrótce następuje atak bestii przerywając uroczystość i powodując śmierć partnera Zero Two. Pomimo tak negatywnej opinii Hiro decyduje się zostać jej partnerem lub raczej, jak ona sama mówi o nim, jej ukochanym.
Bohaterowie Drużyna 13 Zespół dziesięciu pasożytów broniących trzynastej Plantacji, główni bohaterowie serii. Ich domem jest , zwany kolokwialnie jako „złota klatka”. Na tle innych drużyn zespół wyróżnia się indywidualnie budowanymi dla nich Franxxami, jak również zwracaniem się do siebie za pomocą imion, a nie, jak jest to ogólnie przyjęte, za pomocą numerów.