Jako pedagog wykładał w Szkole Sztuk Pięknych w Warszawie w latach 1909–1913. W 1916 roku organizował wystawę sztuki polskiej w Moskwie, mieszkał na Krymie. W 1918 roku objął katedrę malarstwa Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Był członkiem Towarzystwa Artystów Polskich „Sztuka” i Związku Zawodowego Polskich Artystów Plastyków. Regularnie uczestniczył w wystawach Towarzystwa Artystów Polskich „Sztuka”, miał także wiele wystaw indywidualnych, m.in. w brazylijskiej Kurytybie 1925. 11 listopada 1937 został odznaczony Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski „za zasługi na polu sztuki”.. Okres II wojny światowej spędził w Krakowie. Po inauguracji krakowskiej ASP 29 marca 1945 ponownie objął katedrę malarstwa, którą prowadził do śmierci.

Twórczość Ignacego Pieńkowskiego wykazuje silne związki z francuską sztuką postimpresjonistyczną. Do jego uczniów należeli m.in.: Tadeusz Kantor, Stanisław Borysowski, Tadeusz Brzozowski, Jan Cybis, Józef Gaczyński, Stefan Maciej Makarewicz.

Jego obrazy znajdują się w Muzeum Narodowym w Warszawie, Muzeum Narodowe w Krakowie, Muzeum Podlaskim w Białymstoku oraz w prywatnych kolekcjach.