papież Innocenty IV przekazał nadzór nad klasztorem najpierw biskupom Konstancji, a następnie opatom z St. Gallen. W pierwszej połowie XV w. klasztor musiał zmagać się z roszczeniami hrabiów Sulz, pokonanych dopiero dzięki wsparciu Szafuzy.
W okresie reformacji, w 1529 wskutek buntu mieszkańców Rheinau przychylnych reformom religijnym zakonnicy uciekli z klasztoru i został on splądrowany, mnisi jednak wrócili w 1531. Od początku XVII w. klasztor należał do szwajcarskiej kongregacji benedyktynów. Między końcem XVI w. i XVIII w. klasztor miał kilku wybitnych opatów-budowniczych, pracowali tu uczeni bibliotekarze i archiwiści. Przeżywał okres rozkwitu mimo dotknięcia go skutkami wojen w 1656 i 1712. Od końca XVI w. budynki klasztorne zaczęto budować poza wyspą na Renie, w tym okresie powstał też kamienny most łączący wyspę ze stałym lądem i nowa wieża kościelna. W latach 1705–1710 przebudowano na barokowy kościół klasztorny, na początku XVIII w. wzniesiono też nowe budynki klasztorne. W 1752 lub 1753 konsekrowano nowy kościół św. Feliksa i Reguli.
W 1799 klasztor został zniesiony przez Francuzów i splądrowany. Został przywrócony w 1803, jednak objęty został nadzorem władz kantonu Zurych.