W kolejnych wiekach działalność misjonarzy objęła całą Europę, ale w Azji i Afryce została powstrzymana przez islam. Wielkie odkrycia geograficzne otworzyły w dziejach misji nową epokę, w której prym wiedli jezuici tacy jak Franciszek Ksawery, Matteo Ricci czy Michał Boym. Ich metodą była inkulturacja, czyli szanowanie lokalnych tradycji. Często byli oni zarazem odkrywcami, opisywali różne języki i cywilizacje oraz popularyzowali w świecie naukę europejską. Ich dokonaniami są m.in. rozpowszechnienie chininy, czy stworzenie współczesnego alfabetu języka wietnamskiego. Do działalności misyjnej dołączyli również franciszkanie.
Po kilku wiekach następcy Grzegorza I odrzucili doktrynę akomodacji, co można zaobserwować na przykładzie pisma Innocentego IV Dilectis Filliis OFM z dwudziestego pierwszego marca 1245 roku. Papież Innocenty IV nawoływał do potępienia wszystkich wartości pogańskich i zakazywał otwarcie prowadzenia dialogu międzykulturowego. Po wydaniu tego dokumentu na terenach azjatyckich doszło do konfliktu między jezuitami, którzy wykorzystywali nauki Grzegorza I, a franciszkanami stosującymi się do nauczania Innocentego. W rezultacie doprowadziło to do osłabienia znaczenia misjonarzy chrześcijańskich na Dalekim Wschodzie.