Jednak najważniejszymi funkcjami świątyni (stanowiącymi o jej ważności jako miejsca świętego) są: przeświadczenie o niezależnej od człowieka, literalnej obecności bóstwa w świątyni, która to obecność uświęca całe miejsce – w związku z tym świątynie są uważane za miejsca, gdzie człowiek może spotkać się z bóstwem, bądź w ogólnym sensie mieć styczność z rzeczywistością duchową, składanie ofiar w celu przebłagania lub zjednania bóstwa z ludźmi, bądź zapewnienia ludziom jego przychylności – ta posługa może być sprawowana jedynie przez wyznaczonych do tego celu kapłanów, którzy z tego względu są postrzegani jako pośrednicy między ludźmi a bóstwem. Świątynie bardzo często są wyposażone w liczne obiekty służące wyłącznie kultowi religijnemu, np. ołtarze, wizerunki bogów, aniołów lub świętych, relikwie, kadzielnice, święty ogień i inne. Ich obecność również czyni miejsce świętym i są one niezbędne przy wielu obrzędach. Ze względu na obecność bóstwa w świątyni, człowieka, który w niej przebywa, obowiązuje często ściśle określona etykieta zachowania się.