Użycie w lotnictwie Samoloty Aero A-38 od 1930 roku rozpoczęły loty pasażerskie w ramach czechosłowackich państwowych linii lotniczych ČSA. Latały na linii Praga – Brno – Bratysława – Koszyce – Użhorod – Kluż, a później także do Bukaresztu. Ponadto latały na liniach krajowych Czechosłowacji. W liniach ČSA latały do 1935 roku i w tym czasie wylatały 340426 km w czasie 3135 godzin.
W 1935 roku od ČSA dwa samoloty zakupiły linie lotnicze należące do firmy Bata, później jeden z nich został odsprzedany dla aeroklubu w Ołomuńcu, gdzie służył jako samolot do lotów widokowych.
Natomiast dwa samoloty zakupione przez linie lotnicze CIDNA, od roku 1930 rozpoczęły loty na trasie z Pragi do Wiednia i Warszawy.
Po zajęciu Czechosłowacji przez Niemców w 1939 roku samoloty Aero A-38 zostały przejęte przez Luftwaffe. Według niepotwierdzonych danych jeden z nich uczestniczył w transporcie wojsk w ramach operacji „Weserübung” w Norwegii w 1940 roku. Dalsze losy tych samolotów nie są znane.