Po raz pierwszy Abu Ajn został aresztowany przez władze izraelskie w wieku 18 lat, w 1977. W 1979 został posądzony o udział w zamachu bombowym w Tyberiadzie, w którym zginęło dwóch nastolatków, a 36 odniosło rany. Po tym ataku zbiegł do Stanów Zjednoczonych, gdzie został aresztowany i osadzony w więzieniu w Chicago. W 1981, jako pierwszy Palestyńczyk, został wydany Izraelowi przez władze amerykańskie. Decyzja ta wywołała międzynarodowe protesty, a sam Abu Ajn podjął głodówkę. W 1982 został w Izraelu skazany na dożywocie. Na wolność wyszedł w 1985 w ramach wymiany więźniów, ale już kilka miesięcy później został administracyjnie uwięziony. Podczas drugiej intifady Abu Ajn został w 2002 ponownie osadzony w areszcie administracyjnym.
Abu Ajn zmarł 10 grudnia 2014 w wyniku starć z izraelskim wojskiem, do których doszło w Turmusajji koło Ramallah w związku z protestem przeciwko izraelskiemu osadnictwu. Według Reutersa, minister miał zostać chwycony za kark i pchnięty przez izraelskiego żołnierza, po czym, uciskając klatkę piersiową, upadł na ziemię i stracił przytomność. Z kolei Mahmud Alul, wysoko postawiony członek al-Fatahu, podał, że Abu Ajn miał zostać trafiony kanistrem z gazem łzawiącym. Minister zmarł w drodze do szpitala w Ramallah.