Aby jednak wyplątać się z intryg związanych z władzą oraz pochopnej znajomości z bliżej nieustaloną, zakochaną w nim kobietą, uciekł do Jerozolimy, podejmując życie monastyczne na Wielkanoc w 383 roku w klasztorze prowadzonym przez Melanię Starszą oraz Rufina z Akwilei. Po długiej chorobie, której podłoże mogło mieć naturę duchową, w roku 383 udał się na Pustynię Egipską, koło Aleksandrii. Tam, po dwóch latach swoistego nowicjatu odbytego w Nitrii, zamieszkał w półpustelniczej osadzie Cele (Kellia). Przyjaźnił się z przebywającymi tam Makarym Wielkim (Egipskim) i Makarym Aleksandryjskim oraz z innymi słynnymi anachoretami z Cele, Sketis i Nitrii. Odmówił przyjęcia biskupstwa Thmuis, które chciał mu ofiarować arcybiskup Teofil z Aleksandrii. Umarł tuż po święcie Objawienia Pańskiego w 399 roku, wycieńczony chorobą żołądka, która została wywołana niezwykle ascetycznym trybem życia i surowymi postami. Część życiorysu Ewagriusza spisał jego uczeń Palladiusz (Vita Evagrii) w swoim dziele Historia Lausiaca.
Kościoły wschodnie uznają Ewagriusza za świętego, a Kościół Ormiański wspomina go 11 stycznia.