W gwatemalskiej Liga Nacional klub występował po raz pierwszy w latach 1961–1962. Spadł z niej w wyniku pomniejszenia liczby drużyn z 22 do 12, lecz powrócił na najwyższy szczebel już po roku. Grał na nim w latach 1964–1966, a po przegranych barażach został relegowany z powrotem do drugiej ligi. Trzeci pobyt Cobánu w pierwszej lidze miał miejsce w latach 1976–1989. Wówczas drużyna odniosła pierwszy poważniejszy sukces w historii: wicemistrzostwo Gwatemali (1979/1980). Dzięki temu po raz pierwszy wzięła udział w międzynarodowych rozgrywkach Pucharu Mistrzów CONCACAF, gdzie odpadła już w pierwszej rundzie w kontrowersyjnych okolicznościach z honduraskim Pumas UNAH. Po remisie w dwumeczu (2:1, 0:1) Cobán wygrał losowanie, lecz rywale wnieśli odwołanie i to oni zostali nagrodzeni awansem.
Po raz czwarty Cobán grał w Liga Nacional w latach 1994–1996, a po raz piąty w latach 1997–2006. Właśnie ten ostatni okres okazał się najbardziej obfity w osiągnięcia w historii klubu. Zawodnicy Cobán wywalczyli wówczas trzy wicemistrzostwa Gwatemali (1997/1998, Reordenamiento 2001, Clausura 2003) oraz trzy razy doszli do finału pucharu Gwatemali (1997/1998, 2002, 2003). Przede wszystkim Cobán zdobył jednak wówczas swoje pierwsze mistrzostwo Gwatemali (Clausura 2004), pod wodzą trenera Julio Césara Antúneza.