Spong służył jako rektor w St. Joseph’s Church w Durham od 1955 do 1957; w Calvary Parish w Tarboro w latach 1957–1965; w St. John’s Church w Lynchburgu od 1965 do 1969; oraz w St. Paul’s Church w Richmond w Wirginii, od 1969 do 1976. Pełnił funkcję wykładowcy wizytującego dając wykłady w najważniejszych amerykańskich instytucjach teologicznych, przede wszystkim na Harvard Divinity School. Odszedł na emeryturę w 2000. Jako emerytowany biskup należy do Episcopal Church’s House of Bishops. Podczas jego posługi biskupa w Newark liczba potwierdzonych osób przystępujących do komunii spadła o prawie 50%, z 44,423 w 1978, do 23,073 w 1996.
Spong opisuje swoje życie jako podróż, która rozpoczęła się od konserwatywnej teologii w dzieciństwie, a przemieniła się w szerokie spojrzenie na chrześcijaństwo. Podczas wywiadu w 2013, Spong przywołał na myśl dawnego anglikańskiego biskupa, Johna Robinsona, jako jego mentora w tej podróży i stwierdził, że lektura kontrowersyjnych prac Robinsona w latach 60. spowodowała zawiązanie przyjaźni i bliskich relacji z nim przez wiele latThe retired Bishop John Shelby Spong interview, readthespirit.com, 23 czerwca 2013.. Spong również uhonorował Robinsona jako swojego mentora na pierwszych stronach swojej książki z 2002 roku pt.