27 listopada 1706 papież Klemens XI wysłał do wielkiego mistrza Ramona Perellosa breve pontificio, w którym zachwala prace Carapecchii. W 1707 ten ostatni opuścił Rzym i osiedlił się w Valletcie, stolicy Malty zakonu św. Jana rządzonej przez Perellosa. Zdobył przychylność wielkiego mistrza i resztę swojej kariery spędził na Malcie, gdzie odegrał rolę w przekształceniu Valletty w barokowe miasto, projektując liczne kościoły, pałace i inne budynki. W 1708 oraz 1723 Carapecchia przeprowadził badania dotyczące zaopatrzenia w wodę miast wokół maltańskiego Grand Harbour. Pracował również pod rządami następców Perellosa, przede wszystkim Antonio Manoela de Vilheny, dla którego w 1726 zaprojektował katafalk. Carapecchia również projektował meble do niektórych swoich budowli, jak np. szafki w zakrystii kolegiaty św. Pawła w Valletcie. Mieszkając na Malcie Carapecchia był również zaangażowany w prace na pobliskiej Sycylii.
Carapecchia zmarł na Malcie 21 stycznia 1738.
Prace Projekty architektoniczne wykonane przez Romano Carapecchię lub jemu przypisywane obejmują:
Rzym Kościół San Giovanni Calibita (ok. 1700) Palazzina Vaini (ok. 1700)