Podgatunki Podział na podgatunki sporny. Autorzy Handbook of the Birds of the World wyróżnili 34 podgatunki, podobnie Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny (z tym że wyróżnia dodatkowo podgatunek G. g. persaturatus, a G. g. hiugaensis uznaje za synonim G. g. japonicus), z kolei autorzy serwisu Birds of the World wyróżniają aż 40 podgatunków. Opisano jeszcze więcej podgatunków, ale ich status jest wątpliwy, a w większości odnoszą się do mieszańców; są one obecnie traktowane jako synonimy istniejących podgatunków. Niektóre z podgatunków są przez część autorów podnoszone do rangi gatunków, np. IUCN za osobne gatunki uznaje sójkę himalajską (G. (g.) bispecularis) i sójkę białolicą (G. (g.) leucotis). Wyróżnia się następujące podgatunki na podstawie różnych odcieni w upierzeniu, kształtu czapeczki i barwy, zamieszkujące odpowiednio: Grupa podgatunków glandarius Garrulus glandarius hibernicus – Irlandia Garrulus glandarius rufitergum – wyspa Wielka Brytania oraz północno-zachodnia Francja sójka (zwyczajna) (Garrulus glandarius glandarius) – Półwysep Skandynawski, Europa Wschodnia po dorzecze Peczory, Wiatkę i Symbirsk, północne i wschodnie Bałkany, Europa na północ od Alp po Pireneje i Galicję Garrulus glandarius fasciatus – południowa i wschodnia część Półwyspu Iberyjskiego Garrulus glandarius corsicanus – Korsyka Garrulus