Nauka w szkole była bezpłatna380 lat Szkoły Średniej…, s. 16.. Szkoła była ważnym ośrodkiem edukacyjnym dla młodzieży z Łomży i okolic. Program nauczania obejmował pięć zasadniczych klas: infimę, gramatykę, syntaksę, poetykę i retorykę. Znaczną część nauczania zajmował język łaciński, a edukacja obejmowała również literaturę klasyczną, zasady wymowy i sztukę pisania. W późniejszym okresie zakres nauczania został rozszerzony. W XVIII wieku w programie znalazły się między innymi język francuski, język niemiecki, historia, geografia, matematyka oraz filozofia.
W 1618 roku w kolegium miało uczyć się 253 uczniów, natomiast w 1645 roku ich liczba wynosiła około 500. W kolegium pracowało wówczas około 20 zakonników.
Szkoła przeżyła swój największy kryzys na przełomie XVII i XVIII stulecia. W 1696 roku wybuchł pożar, który strawił drewniany kościół jezuicki, internat i dach murowanej biblioteki. Ocalała nienaruszona jedynie sama szkoła. Kolejne zniszczenia i przerwy w nauce spowodował wielka wojna północna i kolejnej przemarze wojsk.