Biskup Jan Kuczborski domagał się, aby seminarium duchowne istniejące przy kolegium poznańskim przeniesiono do Torunia, argumentując to niższymi kosztami prowadzenia zakładu oraz możliwością wywierania lepszej kontroli nad nim. Stało się to w 1618 roku.
W 1618 roku jezuici toruńscy otworzyli kurs filozoficzny. mały|Tablica pamiątkowa przy dawnym budynku Kolegium Jezuitów w Toruniu W trakcie wojny polsko-szwedzkiej z lat 1655-59 Toruń został zajęty przez wojska szwedzkie. Wtedy doszło do szykanowania jezuitów, a w 1656 roku do wypędzenia ich z Torunia i zamordowania rektora Wojciecha Czarnockiego. Jezuici wrócili do Torunia w 1659 roku, chociaż oficjalnie zostali ponownie wprowadzeni do miasta dopiero w 1660 roku, po zawarciu pokoju oliwskiego.
W lutym 1659 roku rektorem kolegium jezuickiego w Toruniu został ojciec Tomasz Dore, który urząd ten sprawował przez pięć lat. W 1671 roku rektor Stanisław Domosławski otworzył nowy browar, co wywołało sprzeciw władz miasta.
Od 1672 roku protestanccy mieszkańcy Torunia uczęszczali do szkół jezuickich.