Od 1959 asystent naukowy na Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu w Münsterze. W latach 1960–1963 profesor teologii fundamentalnej na Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu w Tybindze. W latach 1962–1965 z nominacji papieża Jana XXIII oficjalny doradca (peritus) Soboru watykańskiego II. W czasie obrad Soboru zetknął się z młodym profesorem teologii Josephem Ratzingerem. Zarówno Küng, jak i Ratzinger byli uważani za zwolenników reform soborowych. Od 1963 profesor teologii dogmatycznej i ekumenicznej w Tybindze oraz założyciel i dyrektor Instytutu Badań Ekumenicznych.
W latach 1980–1996 pracował jako wykładowca teologii ekumenicznej i dyrektor Instytutu. W 1995 założył Fundację Weltethos i został jej prezesem. Wykładał gościnnie na uniwersytetach w Stanach Zjednoczonych i w Szwajcarii.
Od 1996 był na emeryturze.