Powrócił on do swojego rodzinnego Nachiczewanu w 1990 r. po tym jak został odsunięty od stanowiska w Biurze Politycznym przez Michaiła Gorbaczowa w 1987 r. Niedługo po powrocie do Nachiczewanu Alijew został wybrany do Rady Najwyższej zdecydowaną większością głosów. Następnie zrezygnował z KPZR, a po nieudanym zamachu stanu przeciwko Gorbaczowowi w sierpniu 1991 r. wezwał do całkowitej niepodległości Azerbejdżanu. Pod koniec 1991 r. Alijew skonsolidował swoją bazę władzy jako przewodniczący Rady Najwyższej Nachiczewanu i zapewnił Nachiczewanowi szeroką autonomię.
Podział administracyjny thumb|left|Podział administracyjny Nachiczewańskiej Republiki Autonomicznej: 1 – Babək rayonu, 2 – Culfa rayonu, 3 – Kəngərli rayonu, 4 – Nachiczewan, 5 – Ordubad rayonu, 6 – Sədərək rayonu, 7 – Şahbuz rayonu, 8 – Şərur rayonu thumb|left|Nachiczewan z lotu ptaka Nachiczewańska Republika Autonomiczna obejmuje siedem rejonów (azer. rayon): Babək, Culfa, Kəngərli, Ordubad, Sədərək, Şahbuz i Şərur i jedno miasto wydzielone Nachiczewan..