Misja wymagała ukończenia rozbudowanej infrastruktury, w tym nowego stanowiska startowego w Centrum Startowym Satelitów Jiuquan, zbudowanego w latach 1994-1997, Pekińskiego Centrum Kontroli Lotów Kosmicznych oraz czterech statków śledzących klasy Yuanwang. W lipcu 1999 roku statek dotarł do Centrum Startowego, choć chińscy oficjele zapowiadali start na październik, doszło do opóźnień. Pojawiły się doniesienia o eksplozji materiałów pędnych w Centrum Startowym, czemu władze chińskie zaprzeczyły. Pewnym jest natomiast, że w październiku wykryto usterkę żyroskopu oraz aparatury kontroli środowiska w statku. Aby usunąć awarię, inżynierowie musieli zaryzykować demontaż osłony termicznej. Naprawa przebiegła pomyślnie, ale opóźniła start o 10 dni. Dodatkowo, z powodu przewidywanego roju meteorów z roju Leonidów, start przesunięto o kolejne dwa dni.
Przebieg misji Rakieta Chang Zheng 2F wystartowała 20 listopada 1999 roku o 06:30 czasu pekińskiego, a po około 10 minutach statek Shenzhou odłączył się od rakiety, wchodząc na orbitę okołoziemską. Podczas swojego lotu statek utrzymywał prawidłową orientację, a także z powodzeniem przetestowano systemy komunikacyjne i pomyślnie przeprowadzono próbny zapłon silnika.