Barcelona zapłaciła za niego Chelsea osiem milionów funtówMailOnline: Gudjohnsen seals Barca switch..
31 sierpnia 2009 roku w ostatnim dniu okna transferowego podpisał dwuletni kontrakt z drużyną występującą we francuskiej Ligue 1, AS Monaco.
Po niezbyt udanej rundzie we Francji, 28 stycznia 2010 roku, na zasadzie wypożyczenia przeszedł do klubu występującego w angielskiej Barclays Premier League – Tottenham Hotspur
17 lipca 2011 roku Eidur podpisał 2-letni kontrakt z greckim klubem AEK Ateny.
1 października 2012 roku podpisał kontrakt do końca sezonu z Cercle Brugge. W swoim debiucie 6 października 2012 zawodnik strzelił gola, jednak jego klub przegrał 1:3 z SV Zulte Waregem.
15 stycznia 2013 roku podpisał półtoraroczny kontrakt z lokalnym rywalem swojego byłego klubu – Club Brugge.
W listopadzie 2013 roku, po porażce z Chorwacją w meczu barażowym w ramach kwalifikacji do Mistrzostw Świata w Brazylii Guðjohnsen ogłosił zakończenie reprezentacyjnej kariery. Z 24 trafieniami był wówczas najlepszym strzelcem w historii islandzkiej drużyny narodowej, zaś 78 występów klasyfikowało go na czwartym miejscu pod względem liczby meczów rozegranych w kadrze. W marcu 2015 wrócił do kadry na wygrany 3:0 mecz z Kazachstanem w eliminacjach do Euro 2016, w którym strzelił gola.