Kariera szkoleniowa Przygotowania do uzyskania licencji trenera piłkarskiego pierwszego stopnia Nunes rozpoczął już w 1989 roku. Licencję drugiego i trzeciego stopnia uzyskał w Gwatemali pod koniec lat 90. W roli trenera zadebiutował w 2000 roku w gwatemalskim Deportivo Carchá, a w 2001 roku był w sztabie Deportivo Zacapa. W duecie z Eduardo Santaną utrzymali się z nim w lidze gwatemalskiej, a później zakwalifikowali się do ligowej fazy play-off, lecz odeszli z klubu w wyniku różnicy zdań z zarządem. W 2002 roku trenował swój były klub, belizeński Juventus FC. Później pracował w Belizeńskim Związku Piłki Nożnej jako selekcjoner reprezentacji Belize U-17 w razem z Eduardo Santaną. Poprowadził ją w środkowoamerykańskich kwalifikacjach do Mistrzostw CONCACAF U-17, wysoko przegrywając z Kostaryką (0:8) i Panamą (0:4). Trenował również reprezentację Belize U-21.
W tamtym okresie Nunes zdecydował się osiąść na stałe w belizeńskim mieście Orange Walk, gdzie założył rodzinę (jego żona jest Belizenką).