Po amerykańskiej wojnie secesyjnej nastąpił kolejny rozłam, kiedy to większość wyzwolonych czarnoskórych mieszkańców południa ustanowiła niezależne tzw. Czarne Zbory, stowarzyszenia regionalne oraz konwencje państwowe i narodowe, na przykład takie jak Narodowa Konwencja Baptystyczna, która pod koniec XIX wieku stała się drugą co do wielkości konwencją baptystyczną.
W związku z typową dla baptystów tradycją silnej autonomii zborów lokalnych Konwencja jest bardziej organizacją współpracy, a władze organizacji nie mają prawa narzucać niczego zborom członkowskim. Każdy ze zborów ma swobodę w:
przystąpieniu i wystąpieniu z organizacji zatrudnianiu i zwalnianiu pracowników zborów samodzielnym określaniu wymagań wobec swoich członków opracowaniu własnego „Wyznania Wiary” określeniu stopnia udziału w programach realizowanych przez Południową Konwencję Baptystyczną
Kościół jest przeciwny ordynowaniu kobiet na urzędy starszych kościoła i duchownych.
Historia thumb|Pierwszy baptystyczny zbór w Augusta (Georgia) Denominacja utworzona została w 1845 roku ze względu na stosunek do niewolnictwa. W latach 1940–1960 liczba członków Południowej Konwencji Baptystycznej podwoiła się i osiągnęła 10 milionów. W roku 1985 liczba południowych baptystów wzrosła do 14,4 milionaJohn Micklethwait, Adrian Wooldridge Powrót Boga, 2011, s.