29 stycznia 2003 roku Zgromadzenie Państwowe Republiki Słowenii przyjęło akt ustanawiający Univerza na Primorskem. Uczelnia została wpisana 17 marca tego samego roku do rejestru prowadzonego przez sąd okręgowy w Koprze; data ta jest obchodzona jako rocznica jej powstania. Pierwszą rektor została Lucija Čok, która kierowała uniwersytetem od rozpoczęcia jego działalności.
W chwili utworzenia w skład uniwersytetu weszły trzy wydziały, dwie szkoły wyższe oraz dwa instytuty badawcze. Rozwój uczelni następował poprzez przekształcanie istniejących jednostek, powoływanie nowych wydziałów oraz rozszerzanie działalności dydaktycznej i naukowej poza Koper, szczególnie w Izoli i Portorožu.
W 2019 roku funkcję rektora objęła matematyczka Klavdija Kutnar. W maju 2023 roku została ponownie wybrana, a jej druga czteroletnia kadencja rozpoczęła się 23 listopada tego roku i ma trwać do 22 listopada 2027 roku.
W 2022 roku uniwersytet został członkiem stowarzyszonym sojuszu europejskich uczelni Transform4Europe, a następnie dołączył do niego jako pełnoprawny partner.