Po ich wycofaniu się nadal zdezorganizowany kraj padł łatwym łupem arabskich najeżdźców.
Administracja mały|Tzw. Kolumna Pompejusza, postawiona przez Dioklecjana w Aleksandrii na pamiątkę jego triumfu nad Domicjanem. Na jej szczycie niegdyś znajdowała się ogromna statua cesarza Tradycyjnie przyjmuje się, że okres bizantyński (późnorzymski) rozpoczyna się w Egipcie wraz z panowaniem Dioklecjana (284–305), który dokonał zasadniczej reorganizacji kraju. Jednak proponuje się także inne daty, bardziej związane z wydarzeniami ważnymi dla całego cesarstwa, takie jak ustanowienie nowej stolicy w Konstantynopolu w 330 (której odtąd Egipt miał podlegać), albo nawet ostateczny podział cesarstwa na wschodnie i zachodnie w 395. Z punktu widzenia longue durée egipskiej historii administracyjnej równie ważne co reformy Dioklecjana były także zarządzenia Septymiusza Sewera (193–211), które doprowadziły do powstania w Egipcie tak charakterystycznej dla Cesarstwa administracji lokalnej opartej na miastach oraz dopiero niedawno zauważone przez historyków reformy z lat 40. III stulecia, w ramach których zniesiono ostatnie pozostałości egipskiej tradycji administracji opartej na pisarzach. W roku 297 w Aleksandrii wybuchł bunt Domicjusza Domicjana, który rok później został osobiście stłumiony przez Dioklecjana.