W 1797 roku, wraz z Johannem Gottliebem Fichte (1762–1814), Niethammer był współredaktorem Philosophisches Journal. W 1798 r. Czasopismo opublikowało Entwicklung des Begriffs der Religion Friedricha Karla Forberga („Rozwój pojęcia religii”), esej, który Fichte poprzedził Über den Grund unsers Glaubens an eine göttliche Weltregierung („Podstawy naszej wiary w boski rząd Wszechświata”). Reakcja na artykuł obejmowała oskarżenia o ateizm, wywołując tzw. Atheismusstreit (spór o ateizm) z lat 1798–1799, wydarzenie, które ostatecznie doprowadziło do wyjazdu Fichtego z Jeny w 1799 r.NNDB, Johann Gottlieb Fichte.
W 1808 roku Niethammer opublikował Der Streit des Philanthropinismus und des Humanismus in der Theorie des Erziehungs-Unterrichts unsrer Zeit (Spór między filantropinizmem a humanizmem w teorii edukacyjnej naszych czasów), książkę będącą reakcją na filantropinizm, koncepcja, która została opracowana w epoce oświecenia. Filantropinizm cenił wychowanie praktyczne i fizyczne iw dużej mierze odrzucał uczenie się na pamięć klasyków. Niethammer zgodził się z filantropinami co do tego, że pewna autonomia jest ważna w edukacji, ale uznał ich filozofię nauczania za zbyt ekstremalną.