Historia mały|349x349px|Mapa Zatoki Gibraltarskiej (ok. 1750). mały|260x260px|Zatoka Gibraltarska, widok z Algeciras, z prawej fragment Skały Gibraltarskiej. Obszar wokół Zatoki Gibraltarskiej jest zamieszkany od tysiącleci, a sama zatoka jest używana przez statki handlowe od co najmniej 3000 lat. Uważa się, że Fenicjanie mieli osadę w pobliżu Gibraltaru, a Rzymianie założyli miasto Portus Alba („Biały Port”) na miejscu współczesnego Algeciras. Późniejsze ludy, zwłaszcza Maurowie i Hiszpanie, również założyli osady na wybrzeżu, w tym silnie ufortyfikowany i strategiczny port na Gibraltarze, który został zdobyty przez Anglię w 1704 roku.
Strategiczne położenie zatoki u ujścia Morza Śródziemnego sprawiło, że zatoka przeżyła wiele bitew morskich. Najważniejszymi z nich były: bitwa pod Gibraltarem(1607) i bitwa w zatoce Algeciras (1801). Podczas drugiej wojny światowej Włochy kilkakrotnie wystrzeliwały żywe torpedy z Algeciras, próbując zatopić brytyjskie statki zacumowane w porcie gibraltarskim, z pośrednim sukcesem dzięki pracy dowódcy Lionela Crabbe.