Na początku września 1938 wystosował memorandum do polityków czechosłowackich, ostrzegając przed ustępstwami wobec Trzeciej Rzeszy i zwracając uwagę na gotowość armii do walki. 1 marca 1939, pod naciskiem niemieckim, został usunięty ze stanowiska szefa Sztabu Generalnego armii czechosłowackiej. Po rozpoczęciu okupacji Czech przez Niemców i utworzeniu Protektoratu Czech i Moraw zamieszkał w Pradze. 14 października 1941 został – pod zarzutem wspierania czechosłowackiego ruchu oporu – aresztowany przez Gestapo, po przesłuchaniu przeniesiono go do obozu koncentracyjnego Theresienstadt. 22 lipca 1942 został zwolniony. W 1943 SS Obergruppenführer Karl Hermann Frank próbował przekonać generała do podjęcia współpracy, jednak Krejčí odmówił. Wspierał konspiracyjną organizację z Jaroslavem Kvapilem na czele.
Po zakończeniu II wojny światowej zgłosił się do ponownej służby w Armii Czechosłowackiej. Został przyjęty dopiero w styczniu 1947 i szybko (bo już 1 lutego 1947) przeniesiono go w stan spoczynku. W lipcu 1950 został zdegradowany, natomiast w maju 1953 odebrano mu emeryturę. Podjął wówczas pracę jako pomocnik w fabryce guzików w miejscowości Jablonné nad Orlicí.