Było to pierwsze seminarium założone przez Zgromadzenie Ogólne Kościoła Prezbiteriańskiego.
W 1868 rektorem uczelni został filozof (1811–1894), który przez dwadzieścia lat urzędowania gruntownie zreformował program nauczania uniwersytetu.
W 1896, aby odzwierciedlić daleko idące zmiany i uświetnić 150 rocznicę założenia uczelni, otrzymał obecną nazwę – .
W latach 1902–1910 prezydentem uniwersytetu był Woodrow Wilson (1856–1924), przyszły prezydent Stanów Zjednoczonych (w latach 1913–1921).
W latach 1979–2007 na Uniwersytecie Princeton mieściło się laboratorium parapsychologiczne: ().
Koedukacja w Princeton Pierwsze kobiety (w liczbie 148) przyjęto, jako studentki licencjackie, na uniwersytet dopiero 6 września 1969. Jednak pierwszą studentką-doktorantką była Sabra Follett Meservey (1924–1994), przyjętą na studia podyplomowe z historii Turcji w 1961. Do tego momentu Princeton był jedynym uniwersytetem w kraju, który nie przyjmował kobiet na studia, podczas gdy we wszystkich pozostałych szkołach należących do kobiety stanowiły prawie 20% ogółu studentów. Kobiety mogły studiować tylko wtedy, gdy zakwalifikowały się na studia niedostępne gdzie indziej, jak Sabra Meservey, która uzyskała dyplom z orientalistyki w 1966.