Problematyka powieści Groby Napoleona są opowieścią o życiu po przeżytej traumie i próbach jej odreagowania. Jednym z głównych wątków książki jest opisanie cierpienia, którego według autorki najwcześniejszej recenzji powieści, Tamary Karren, „Zofia Romanowiczowa jest znakomitą, jak żaden z pisarzy, analityczką”. Natalia Królikowska uważa, że „Groby Napoleona opowiadają o czasie skończonym, czasie 'po', w którym już nic się nie wydarza – można jedynie wspominać i analizować minione wypadki”. Ważnym tematem Grobów Napoleona jest również macierzyństwo, relacje matki z dorastającą córką oraz problem usamodzielnienia i syndromu „opuszczonego gniazda”.
Kwestie genologiczne Groby Napoleona powszechnie uznawane są za powieść psychologiczną. Julian Rogoziński upatrywał w niej trzeciego ogniwa powieściowego tryptyku Zofii Romanowiczowej – obok Przejścia przez Morze Czerwone i Słońca dziesięciu linii – ukazującego „dramat kobiet ocalałych wprawdzie, lecz nadal noszących na sobie piętno obozowej śmierci”.